Ce village de la plaine rhénane apparaît dans les archives sous le nom de Achiltihaim signifiant terres d’Achitis qui était un fermier Franc établi vers 470. Ensuite le nom a évolué de Wecheltheim en 1170, Wekelthem en 1213, Wegoltheim en 1302, Weckolsheim en 1328 et depuis 1648 Weckolzheim.
L’origine du nom se traduit de la manière suivante : « Wecken » qui signifie coin de fer (pour fendre les troncs en Allemand), « holtz » qui veut dire bois et « heim » signifiant l’endroit, le lieu. Par conséquent : « l’endroit où l’on fend les troncs de bois ».
Le village est mentionné pour la première fois en 791 par une charte faite par l'évêque Simbert d'Augsburg qui était administrateur des biens de l'Abbaye de Murbach. En 1188 l'abbaye de Murbach vend le village au couvent de Marbach, qui y établit une ferme appelée Marbacherhof. En 1213, une bulle pontificale du Pape Innocent III confirme la possession du village au couvent de Marbach.
En 1303, les Habsbourg en sont les avoués. Le bien de Marbach est obtenu par les comtes de Ribeaupierre en 1486, qui en font don à l'abbaye de Murbach. L'ayant à nouveau récupéré comme fief en 1507, les seigneurs de Ribeaupierre le rattachent à leur bailliage de Heiteren.
Un petit château construit par Werhner de Weckolsheim en 1336 est détruit partiellement pendant la guerre de Trente Ans, et est abandonné après 1648 pour servir de matière de reconstruction du village détruit à 90%. La famille noble des Weckolsheim s’étant éteinte en 1365 par la mort de Werhner de Weckolsheim qui n’avait que 3 filles : Bonne, Ursule et Catherine d’où les trois Weckens dans le blason familial de 1328.
Le Marbacherhof est quant à lui acquis le 23 mars 1699 par l'entrepreneur des fortifications Castillon qui le fait restaurer.
Combats autour du village en octobre 1870 et ligne de front de casemates en 1914.
La population est évacuée en septembre 1939. Des bombardements allemands détruisent une partie de Weckolsheim.Le 6 février 1945, les troupes américaines libèrent le village.
Ferme seigneuriale – XVI ème Siècle (appelée Marbacherhof)
Cette grande ferme seigneuriale qui s'étend sur le secteur "Die Matt" est entourée de dépendances. Une tour de pigeonnier, vestige de l'ancien château des Weckolsheim fait partie de la propriété. En 1699, les deux entrepreneurs des fortifications de Neuf-Brisach rachètent l'ensemble. Les pigeons servaient de messagerie entre le chantier de la ville Neuf-Brisach et la taille des blocs de grès située à Westhalten de 1699 à 1707. Les blocs étant acheminés alors par barques sur le canal Vauban.
Canal Vauban
Construit de Mai 1698 à septembre 1699 pour l'édification de la ville nouvelle de Neuf-Brisach par l'entrepreneur Regemorte, dont sa propriété "Die Matt" était attenante au Canal Vauban.
Calvaires
Le premier, situé Rue de Dessenheim a été érigé à la demande de certaines familles désirant remercier Dieu pour la guérison de l'un des leurs. Le second est dressé sous forme de croix sur une ancienne borne limitrophe du ban et cette dernière porte le signe "W" indiquant Weckolsheim après la Révolution de 1789 (les armoiries des Ribeaupierre ayant été martelées et remplacées par "W").
Eglise Saint Sébastien
L’ancienne église se situait au centre du cimetière actuel. Elle relève du chapitre rural Citra Theum de l'évêché de Bâle. Weckolsheim est paroisse depuis 1804. La construction de la nouvelle église, de style baroque, commence en 1843. Elle est bénie en 1845. Dans l'église Saint Sébastien se trouve un chemin de croix peint par Seilenmeyer en 1848.
Le blason
Le château représenté est celui de Heiteren qui était le bailliage des Ribeaupierre à partir de 1507. Les 3 coins de fer sont les armoiries des nobles de Weckolzheim; les couleurs blanches et rouges sont celles du blason des comtes de Ribeaupierre, propriétaires du village dès la fin du XVe siècle à la Révolution et ces couleurs sont également celles des Habsbourg dont les Ribeaupierre y étaient inféodés jusqu'à la fin de la Guerre de 30 ans en 1648.